環(huán)境保護領域改革進入深水區(qū)，受到體制機制制約加劇。環(huán)境保護的執(zhí)政理念不斷深化，日益成為國家意志，生態(tài)文明引領新的價值觀加速轉(zhuǎn)變，但經(jīng)濟社會環(huán)境問題日益交織，法規(guī)、體制、機制、制度、政策“綠化”尚未形成，環(huán)保系統(tǒng)承受的要求與其支撐能力、調(diào)控手段存在一定差異，在夾縫中負重前行成為一種環(huán)保工作新常態(tài)。

環(huán)境管理交叉錯配現(xiàn)象嚴重，多頭管理問題突出，職能交叉，執(zhí)法主體和監(jiān)測力量分散，統(tǒng)一的生態(tài)環(huán)境管理體制改革關系到多個部門職能權(quán)利，調(diào)整難度大。國家層面的53項主要生態(tài)環(huán)保職能中，40%在環(huán)保部門，60%分散在其他9個部門。在環(huán)保部門承擔的21項主要職責中，與其他部門交叉的占48%。環(huán)境保護缺乏有效的監(jiān)督制約機制，國家環(huán)境保護的政策法規(guī)在少數(shù)地方得不到堅決有效執(zhí)行，一些地方保護主義尚未得到有效根治。環(huán)境監(jiān)管力量與日益繁重的環(huán)保任務不相適應。環(huán)境管理手段落后，保障條件不夠，治理能力不足，“小馬拉大車”現(xiàn)象還比較普遍。